Receptores
Del código PDB al receptor preparado: estados de protonación con PROPKA, loops reconstruidos, aguas y sitios de zinc.
Docking molecular y preparación de sistemas de dinámica molecular para AMBER y NAMD.
Docking
AutoDock Vina con redocking de control, poses agrupadas por RMSD e interacciones proteína–ligando con ProLIF.
Dinámica molecular
Parámetros AM1-BCC/GAFF2, sistemas solvatados y paquetes reproducibles para AMBER y NAMD.